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如何快速查找LncRNA序列

作者：上海云序生物科技有限公司 2018-11-28T16:40 (访问量:36194)

查找LncRNA序列的网站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC数据库等。今天，小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。
一．根据LncRNA来源数据库，进入相应链接。
1. Genebank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html
3. RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
4. UCSC：http://genome.ucsc.edu/
二．根据“gene_id”查看LncRNA在所属数据库的ID号。
1. Genbank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
红框内输入gene_id号，点击search。假设gene_id为AK009210。

点击FASTA键，复制获取序列。

2. Ensmbl：http://asia.ensembl.org/index.html
选择物种类别，详见Report-Sequence_Results-Supplementary（可选项）。红框内输入gene_id号，点击GO。假设gene_id为ENSMUSG00000099021。

转到Genbank，复制获取序列。
3. RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
红框内输入gene_id号，点击search。假设gene_id为C630043F03Rik。

点击FASTA，获取序列信息。

4. UCSC：http://genome.ucsc.edu/
Genomes下拉菜单选择参考基因组，一般人类选择hg19，鼠选择mm10。

红框内输入gene_id号，点击search。假设gene_id为Ivns1abp，点击go。

点击下图的红框。

点击下图的红框。

选择mRNA，复制获取序列信息。

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